Glikogen berfungsi sebagai salah satu dari dua bentuk cadangan energi, glikogen untuk jangka pendek dan bentuk lainnya adalah simpanan trigliserida di jaringan adiposa (yaitu, lemak tubuh) untuk penyimpanan jangka panjang. Pada manusia, glikogen dibuat dan disimpan terutama di sel-sel hati dan otot rangka. Di hati, glikogen dapat membuat 5-6% dari berat segar organ, dan hati orang dewasa, dengan berat 1,5 kg, dapat menyimpan sekitar 100-120 gram glikogen. Dalam otot rangka, glikogen ditemukan dalam konsentrasi rendah (1-2% dari massa otot) dan otot rangka orang dewasa dengan berat 70 kg menyimpan sekitar 400 gram glikogen.

Jumlah glikogen yang disimpan dalam tubuh— khususnya di dalam otot dan hati—sebagian besar bergantung pada latihan fisik, laju metabolisme basal, dan kebiasaan makan (khususnya serat oksidatif tipe 1). Tingkat glikogen otot istirahat yang berbeda dicapai dengan mengubah jumlah partikel glikogen, daripada meningkatkan ukuran partikel yang ada meskipun sebagian besar partikel glikogen saat istirahat lebih kecil dari maksimum teoritisnya. Sejumlah kecil glikogen juga ditemukan di jaringan dan sel lain, termasuk ginjal, sel darah merah, sel darah putih, dan sel glial di otak. Rahim juga menyimpan glikogen selama kehamilan untuk memberi makan embrio.

Sekitar 4 gram glukosa terdapat dalam darah manusia setiap saat; pada individu yang berpuasa, glukosa darah dipertahankan konstan pada tingkat ini dengan mengorbankan simpanan glikogen di hati dan otot rangka. Penyimpanan glikogen di otot rangka berfungsi sebagai bentuk penyimpanan energi untuk otot itu sendiri; namun, pemecahan glikogen otot menghambat pengambilan glukosa otot dari darah, sehingga meningkatkan jumlah glukosa darah yang tersedia untuk digunakan di jaringan lain. Simpanan glikogen hati berfungsi sebagai penyimpan glukosa untuk digunakan di seluruh tubuh, terutama sistem saraf pusat. Otak manusia mengonsumsi sekitar 60% glukosa darah pada individu yang berpuasa dan tidak banyak bergerak.

Glikogen adalah analog dari pati, polimer glukosa yang berfungsi sebagai penyimpan energi pada tanaman. Ini memiliki struktur yang mirip dengan amilopektin (komponen pati), tetapi lebih banyak bercabang dan kompak daripada pati. Keduanya bubuk putih dalam keadaan kering. Glikogen ditemukan dalam bentuk butiran di sitosol/sitoplasma di banyak jenis sel, dan memainkan peran penting dalam siklus glukosa. Glikogen membentuk cadangan energi yang dapat dengan cepat dimobilisasi untuk memenuhi kebutuhan glukosa yang tiba-tiba, tetapi kurang kompak dibandingkan cadangan energi trigliserida (lipida). Karena itu juga ditemukan sebagai cadangan penyimpanan di banyak protozoa parasit.